O Programa de Revitalização do São Francisco tem uma estrutura de gestão caracterizada pela atuação de várias instâncias colegiadas formais, a nível federal, estadual e municipal, com o envolvimento da sociedade civil organizada. São elas, o Comitê Gestor do Programa de Revitalização, o Grupo de Trabalho da Revitalização, o Comitê da Bacia Hidrográfica do São Francisco, os Núcleos de Articulação do Programa (NAPs) e as Comissões Locais de Meio Ambiente e Ação Socioambiental (Colméias). A coordenação geral do Programa está a cargo do Ministério do Meio Ambiente, com a parceria do Ministério da Integração Nacional.  

Em termos operacionais, as ações do programa estão estruturadas em cinco grandes linhas de ação, cada qual com componentes temáticos específicos:

• Linha 1: Gestão e Monitoramento

Envolve componentes de monitoramento ambiental e fiscalização, da implantação de instrumentos de ordenamento territorial e, como ponto fundamental, a gestão da informação através de um sistema integrado de informações georreferenciadas;

• Linha 2: Agenda Sócio-ambiental

Inclui ações de fortalecimento e integração institucional, de educação socioambiental voltada à conscientização social, cultural, ecológica e política da população em sinergia com a implantação de Agendas 21 locais, bem como ações de suporte à cultura;

• Linha 3: Proteção e Uso Sustentável dos Recursos Naturais

Engloba ações para a conservação do solo, recomposição da cobertura vegetal, recuperação de áreas degradadas e de preservação permanente, gestão racional de águas, preservação da biodiversidade, destinando atenção especial a unidades de conservação da natureza;

• Linha 4: Qualidade e Saneamento Ambiental

Abrange o saneamento básico e ambiental, incluindo abastecimento de água para populações difusas especialmente do semi-árido (convivência com o semi-árido), drenagem urbana, melhoria das condições de esgotamento sanitário e universalização da coleta, tratamento e destinação final de resíduos sólidos.

• Linha 5: Economias Sustentáveis

Aborda o turismo sustentável, a gestão dos recursos pesqueiros e o fomento da agricultura e reforma agrária sustentáveis, especialmente pela disseminação de tecnologias agropecuárias para a agricultura familiar e assentamentos rurais.

As ações do Programa são categorizadas como Demandas Técnicas, quando executadas ou “encomendadas” pelo próprio Governo, em se tratando de ações estratégicas, estruturantes ou de relevância especial; como Demandas induzidas, quando instigadas através de editais de temática específica; ou ainda como Demandas espontâneas, em se tratando de projetos de livre iniciativa, colhidos pelos Núcleos de Articulação do Programa (NAPs).