Consciente de toda a diversidade existente nos 278 municípios da Bacia, a metodologia utiliza divisão territorial segundo aspectos de sua geografia política e econômica, a partir do cruzamento de variáveis  ambientais, sociais, econômicas e político-institucionais. Dessa forma, para o planejamento, a proposta combina uma divisão de sua área em macrorregiões, territórios de desenvolvimento e aglomerados de municípios.

Baseadas nas características físicas, potencialidades de produção e dinâmica de desenvolvimento, foram configuradas 4 macrorregiões: Litoral, Meio Norte, Semi-Árido e Cerrado.

Considerando ainda outros aspectos como a diferença de níveis de desenvolvimento dos municípios, níveis tecnológicos, acesso a informação e capacidade de resposta a estímulos vinculados ao desenvolvimento, as macrorregiões foram subdivididas em 11 territórios de desenvolvimento, permitindo no planejamento maior aproximação dos municípios com realidades semelhantes, concentrando-se atenção no estudo das vocações produtivas e dinâmicas de desenvolvimento das regiões, denominados: Planície Litorânea, Cocais, Carnaubais, Entre Rios, Vale do Sambito, Vale do Guaribas, Vale do Canindé, Tabuleiros dos Rios Piauí e Itaueiras, Serra da Capivara, Tabuleiros do Alto Parnaíba e Chapada das Mangabeiras.

Não obstante, baseado também, na premissa  de que os municípios possuem diferentes estágios de crescimento, aproveitamento de oportunidades e capacidade diferenciada de superar obstáculos, buscou-se uma divisão dos territórios considerando fatores que impedem o processo de desenvolvimento de um conjunto de municípios com características semelhantes, como infra-estrutura, níveis de escolaridade, estágio produtivo, etc. Dando-se, assim,  concepção aos 32 aglomerados de municípios, como sendo a menor unidade de planejamento considerada na metodologia e, onde se iniciou o processo.