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A irrigação em grandes áreas contínuas e o seu cultivo intensivo têm causado distúrbios às condições naturais locais, eliminando a vegetação nativa e, como consequência imediata, alterando a microflora e fauna regionais, a produção de peixes, a população de insetos e as condições de erosão e de sedimentação na bacia hidrográfica.
O aproveitamento racional do espaço para irrigação requer, portanto, a manutenção de parte da área em condições naturais, preservando o ecossistema e servindo como local de refúgio e de reprodução da fauna. Outros impactos negativos podem aparecer associados à irrigação: prática da monocultura que, ao alterar a população de insetos, provoca maior demanda por inseticidas e a geração de subprodutos industriais nocivos, como o vinhoto, por exemplo.