Uma política visando ao desenvolvimento sustentável da bacia do São Francisco deve considerar a multiplicidade dos ecossistemas e os conflitos, sejam eles existentes ou potenciais, entre os interesses dos vários setores (econômico, social, cultural, científico, conservacionista, etc).

Partindo-se de uma abordagem ao nível de bacia hidrográfica, destaca-se o uso múltiplo das águas do São Francisco, salientando-se que o recurso hídrico, embora renovável, é finito e escasso, além de objeto para usos consuntivos (consumo urbano e industrial, irrigação, navegação, geração de energia, piscicultura, lazer, etc) e competitivos.

Avoluma-se a possibilidade da competição entre a geração de energia e a irrigação; a existência de água nos reservatórios ou nos rios perenes, como receptáculo de efluentes urbanos ou industriais; o barramento de cursos d'água para geração de energia, para esse fim e para irrigação e controle de cheias, provocando obstáculos à navegação e à circulação dos cardumes; a competição entre a geração de energia e o controle de cheias, no uso dos reservatórios; a formação de lagos com potencial pesqueiro e recreativo, além dos já citados, porém com possibilidade de alagamento de terras férteis produtivas; e o uso do recurso água em determinada área em detrimento de outras a jusante, pelas perdas em quantidade e/ou qualidade.

A título de comparação do consumo de água, cita-se:

• com 15.000 m³ de água se produz em 1 hectare uma safra de arroz;
• com 15.000 m³ de água se abastece 100 pessoas e 450 cabeças de gado durante 3 anos;
• com 15.000 m³ de água se abastece 100 famílias rurais durante 4 anos;
• com 15.000 m³ de água se abastece 100 famílias urbanas durante 3 anos;
• com 15.000 m³ de água se atende 100 hóspedes, em hotel de luxo, durante 55 dias; e
• com a água de um pivô para 90 ha, dimensionado para 100 l/s, pode-se abastecer uma cidade de porte médio, com população da ordem de 100.000 habitantes.

Outros conflitos deverão também ser administrados: a sobreutilização de um determinado recurso em detrimento da própria atividade (o sobrepastoreio, a sobrepesca e o desmatamento indiscriminado); o avanço da agricultura e da mineração sobre áreas de interesse arqueológico e espeleológico; e o turismo predatório deteriorando o próprio sítio turístico.

A utilização das águas do São Francisco tem sido, há muito, discutida. Antes, o tema cingia-se ao conflito irrigação versus geração de energia. Hoje, com o projeto de transposição de águas, a matéria toma outra configuração, já que surge um novo conflito, qual seja abastecer, gerar energia e irrigar também fora da bacia.

Ainda com relação aos usos múltiplos das águas do São Francisco, merece especial destaque o Programa de Desenvolvimento Sustentável da Bacia do Rio São Francisco e do Semi-Árido Nordestino.

No que se refere a recursos hídricos, o balanço hídrico regional, levando em conta quantidade, qualidade, distribuição espacial e permanência temporal, resultou numa demanda de, aproximadamente, 32 bilhões de m³/ano, o que equivale a uma vazão média regularizada da ordem de 1.000 m³/ano. Como o São Francisco não dispõe dessa vazão excedente, é necessário buscar outras fontes, ou seja, contar com a interligação de outros mananciais, além do próprio São Francisco. Assim, foi concebido um Sistema de Abastecimento Hídrico para Uso Múltiplo.