ABRANGÊNCIA: De Pirapora (MG) até Remanso (BA), incluindo as sub-bacias dos rios Paracatu, Urucuia, Carinhanha, Corrente, Grande, Pilão Arcado a oeste (margem esquerda), e do Verde Grande, Paramirim, Jacaré a leste (margem direita); situa-se nos estados de Minas Gerais e Bahia.
TOPOGRAFIA: Sua altitude varia de 2.000m a 500m e é onde se localizam as planícies eluvio-coluvio-aluviais da Depressão São Franciscana. Os divisores leste são a Cordilheira do Espinhaço e a Chapada Diamantina, formada por planaltos com altitude entre 2.000m e 1.000m, recortados por profundas bacias; observam-se abruptas diferenças de nível devido à sucessão de camadas diferenciadas resistentes à erosão.
As bacias são encaixadas em fraturas com desenvolvimento de profundas gargantas e canyons. Esse contexto orográfico tem direção SSE-NNO e penetra no domínio da bacia, formando as serras de Açuruá, Mangabeira e Azul, até praticamente as margens do lago de Sobradinho.
A metade sul do lado oeste corresponde ao prolongamento da Serra Geral de Goiás. Destacam-se, no domínio da Depressão São Franciscana, as serras do Boqueirão e Estreito, com altitude de 800 m e formas alongadas de direção SSE-NNO e N-S, respectivamente.
VEGETAÇÃO: A vegetação é dos tipos Cerrado e Caatinga, salvo algumas pequenas matas serranas. Característica digna de nota é a margem esquerda do São Francisco, bem mais úmida, com rios permanentes e vegetação perenifólia. Na margem direita, a precipitação é menor, os rios são intermitentes e a vegetação é típica de Caatinga.
CLIMA: Suas condições climáticas vão se tornando mais características de uma região tropical semi-árida. A temperatura média anual é de 24 ºC e a evapotranspiração é de 2.900 mm anuais. As chuvas caem de novembro a abril, com precipitação média anual de 1.400 a 600 mm.
PRINCIPAIS CIDADES: Montes Claros, Janaúba e Januária, em Minas Gerais e Formosa, em Goiás; Bom Jesus da Lapa, Barreiras, Guanambi e Irecê, na Bahia.
A região admite a subdivisão em Médio Superior e Inferior, sendo que o primeiro abrange o trecho entre Pirapora e a fronteira com a Bahia, limitado pelos rios Carinhanha a oeste, e Verde Grande a leste. O Médio Superior tem características que mais se assemelham às do Alto que às do Médio propriamente dito.