Existem 2.130 km de vias navegáveis, a saber:

• no São Francisco: trecho de 1.371 km entre Pirapora e Juazeiro/Petrolina, alcançando a barragem de Sobradinho, a qual é servida por uma eclusa, vencendo um desnível de 32,5 m, e trecho de 208 km entre Piranhas e a foz;

• no Paracatu: trecho de 104 km entre Porto Cavalo e a foz;

• no Corrente: trecho de 155 km entre Santa Maria da Vitória e a foz; e

• no Grande: trecho de 351 km entre Barreiras e a foz.

Os principais portos são Pirapora, Itacarambi, Ibotirama, Petrolina e Juazeiro.

Com o desenvolvimento da indústria automobilística e da malha rodoviária, o transporte fluvial foi, paulatinamente, sendo menos demandado. Com a extinção da Portobrás, a Franave (Companhia de Navegação do São Francisco), criada para operar o transporte fluvial em escala comercial, ficou ligada à Companhia Docas do Estado da Bahia. Com poucos recursos para manutenção e modernização da frota e para investimentos na via navegável, além da inexistência de política de captação de cargas, os equipamentos passaram por um crescente sucateamento com expressiva redução de cargas.

A transformação da via navegável em uma verdadeira hidrovia - a Hidrovia do São Francisco - conectando o Sudeste ao Nordeste (Pirapora-Petrolina/Juazeiro), é presença constante nos planos federais de desenvolvimento hidroviário.