A história da Codevasf está associada à importância do rio São Francisco no âmbito do crescimento social e econômico brasileiro. Os constituintes de 1946, reconhecendo a importância do rio para o desenvolvimento integrado, inseriram no Ato das Disposições Transitórias o artigo 29, que determinou a execução de um plano de aproveitamento das possibilidades econômicas da bacia hidrográfica , num prazo de 20 anos destinando-se quantia anual não inferior a 1% da renda tributária da União.

Em decorrência, nasceu a Comissão do Vale do São Francisco - CVSF, criada pela Lei nº 541 de 15 de dezembro de 1948, que atuou durante os 20 anos estabelecidos pela Constituição. Para sucedê-la, foi criada, em 28 de fevereiro de 1967, pelo Decreto-Lei nº 292, a Superintendência do Vale do São Francisco - SUVALE, autarquia vinculada ao então Ministério do Interior.

Em 16 de julho de 1974, para suceder a SUVALE, foi instituída pela Lei nº 6.088 a Companhia de Desenvolvimento dos Vales do São Francisco e do Parnaíba - Codevasf, que tem como objetivo promover o desenvolvimento da região utilizando os recursos hídricos com ênfase na irrigação.

Por força da Lei Nº 9.954, de 6 de janeiro de 2000, a Codevasf teve sua área de atuação ampliada para a bacia do rio Parnaíba e, pela Lei Nº 12.196, para os vales dos rios Itapecuru e Mearim.

• Bacia Hidrográfica do rio São Francisco: 640.000 km² - abrange porções dos Estados de Minas Gerais, Bahia, Pernambuco, Sergipe, Alagoas, Goiás, estreita faixa do Distrito Federal.
• Bacia Hidrográfica do rio Parnaíba: 330.000 km² - porções dos Estados do Piauí e Maranhão.
• Bacia Hidrográfica do rio Itapecuru: 52.500 km² - porções do Maranhão.
• Bacia Hidrográfica do rio Mearim: 96.000 km² - porções do Maranhão.

Todas as iniciativas da Empresa visam à geração de emprego e renda, à redução dos fluxos migratórios e dos efeitos econômicos e sociais decorrentes de secas e inundações e, ainda, à preservação dos recursos naturais dessas bacias hidrográficas, com o objetivo de melhorar a qualidade de vida dos habitantes das regiões.